Recorriendo el territorio del estado podemos ver que la vegetación y algunos animales varían dependiendo de la región, al igual que en la costa, que tiene a sus particulares inquilinos.

En el resto del estado, es decir, en la planicie y en la sierrita, el tipo de vegetación natural que se desarrolla es principalmente de selvas tropicales y subtropicales, que en la actualidad, difícilmente se pueden encontrar en estado virgen, porque han sido usadas intensamente desde hace miles de años. Recordemos que esas mismas selvas dieron protección y alimento a los primeros mayas.

A lo largo de la zona norte de la planicie, encontramos una franja de selva baja caducifolia espinosa con cactáceas, que tiene muchas especies espinosas y algunas de ellas endémicas.

En la zona noreste de Yucatán, hacia el interior de la planicie, encontramos la selva baja caducifolia que puede alcanzar una altura de ocho a 15 m; los árboles y arbustos que la integran pierden sus hojas durante la época de secas; estas hojas protegen al suelo de la erosión y al desintegrarse servirán como alimento a las propias plantas. Ahí encontramos: chacah, ya’axniik, beel síinik che’, ja’abin, tsalam, aunque lo más característico en esta comunidad es la presencia de palma chiit.
 

La selva mediana subcaducifolia es el tipo de vegetación más extenso en nuestro estado; cubrió una vez las laderas de la sierrita de Ticul y la mayor parte de Yucatán; sin embargo, la vegetación original ha sido modificada por las distintas actividades humanas que la han reducido a vegetación secundaria, es decir, que la vegetación original ha sido sustituida por otras especies, a veces no originarias de estas tierras. Algunos de los árboles propios de esta comunidad aún presentes, son: tsalam, jabín, cedro, chukum, sak kaatsim, box catzim, pich, xu’ul y k’anasin. También encontramos henequén en este tipo de vegetación donde dominan las leguminosas. Aproximadamente 90% de los árboles de esta comunidad pierden sus hojas durante la época de secas.
 

Las selvas alta o mediana subperenifolias presentan árboles de 30 a 25 m, de los cuales algunos de ellos pierden su follaje entre noviembre y abril; habitualmente domina la presencia de ya’axniik que puede encontrarse en asociación con ramón u ox. Encontramos este tipo de vegetación en el noroeste de Yucatán, casi en el límite con Quintana Roo. También en este tipo de selva hallamos piich, ceiba o ya’axche’ y cedro que en algunos lugares pueden alcanzar gran corpulencia, con troncos de hasta dos metros de diámetro y extensas copas, aunque no muy altos.

En Yucatán todavía podemos encontrar manchones de selva alta, donde los árboles llegan a alcanzar una altura de 25 a 35 m. Allí abundan especies como el zapote y la caoba que conservan su follaje todo el año y se intercalan con el ya’axniik, el k’aanchunu’ up y el boob, que pierden su follaje durante la temporada seca. Este tipo de vegetación se localiza en una pequeña parte del sur del estado, en la región de Becanchén.

Así como existen diferentes plantas, también hay una diversidad de fauna, que está compuesta por todos los animales que crecen y viven en forma libre en la tierra o en el agua, y que en conjunto se llama comunidad animal.

En las regiones de la planicie yucateca y la zona Puuc, podemos encontrar mamíferos como jabalí, ardilla, tepezcuintle, venado de cola blanca, temazate, weech o armadillo, k’ulu’ o mapache, tejón, jaguarundi, tigrillo, oso hormiguero, jaguar y puma. Como la península de Yucatán se encuentra dentro de una de las principales rutas de migración de aves, es posible observar gran variedad de ellas a lo largo del año, además de las endémicas peninsulares como: yuuyum, xlacay, matraca yucateca, pavo de monte, codorniz de Yucatán, ch’eel, carpintero de Yucatán y paloma de alas blancas, así como otras aves con mayor distribución: chachalaca, guacamaya, loro, azulejo, tortolita, k’ili’, k’a’aw o zanate, perico y colibrí. También podemos encontrar reptiles como iguana, tóolok, lagartija, boa u och kaan, chayil kaan, víbora de cascabel y coralillos.