Conforme al Plan de Ayutla, se reunió el Congreso Constituyente de tendencia liberal. Esta reunión tuvo el propósito de elaborar una nueva constitución más apropiada a la época.

La Carta Magna se discutió de 1856 hasta febrero de 1857 fecha en la que se promulgó. El Congreso Constituyente estaba integrado por una mayoría de liberales moderados, sin embargo en las discusiones predominaban los liberales puros como Ignacio Ramírez, José María Mata, Ponciano Arriaga, Santos Degollado y Melchor Ocampo. No obstante lo anterior, los últimos tuvieron que ceder ante la mayoría, pues las ideas fuertemente discutidas como la separación de la Iglesia y el Estado, la libertad de cultos, el establecimiento del registro civil y la nacionalización de los bienes del clero, no quedaron plasmadas en ella. Esta Constitución se centró principalmente en el respeto a las garantías individuales, como la libertad y derecho a la protección de las leyes; la libertad de educación y trabajo; la libertad de expresión; la de petición y asociación de tránsito; la de propiedad; la de igualdad ante la ley; la de no ser detenido por más de tres días sin que se justificara.

En cuanto a las formas de gobierno, la Constitución reconocía que la soberanía reside esencial y originariamente en el pueblo. Dictaba que el país tendría un régimen republicano y democrático, y que la cámara de diputados sería la depositaria del poder legislativo, mientras que el ejecutivo y el judicial estarían representados principalmente por la Suprema Corte de Justicia; además, anulaba la vicepresidencia y estipulaba que el presidente de la Suprema Corte fungiría como vicepresidente de la república y como presidente, en caso de faltar éste.

La división territorial quedaba integrada por 23 estados, el territorio de la Baja California y un Distrito Federal que se constituiría como estado al trasladarse los supremos poderes a otro lugar.

De las garantías individuales mencionadas, señala cuáles son las que aún tienes. Escríbelas en las líneas de abajo.

Conforme a la nueva Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, se convocó a elecciones presidenciales; en éstas resultó electo Comonfort como presidente y Benito Juárez como presidente de la Suprema Corte de Justicia.

Presionado por el clero, el ejército y por muchos de sus compañeros del partido liberal del ala moderada, que consideraban que el cambio debía ser más lento para generar el menor malestar posible entre los que tenían el poder económico y político del país, Comonfort decide reformar la Constitución con el pretexto de que en ella el presidente tenía menos facultades.

Por otro lado, la Iglesia manifestó su oposición declarando herética a la Constitución y hereje a todo aquel que jurara o aceptara obedecerla o trabajara para el gobierno, pues caería irremediablemente en la excomunión y se le negarían los sacramentos incluyendo el de la extremaunción y, si moría no podría ser sepultado en los cementerios católicos.

Dada las presiones ejercidas, Comonfort decide desconocer la Constitución y en común acuerdo con los militares, en especial con su compadre, el general Félix Zuloaga, decide darse a sí mismo un golpe de Estado el 15 de diciembre de 1857.

Las primeras órdenes que dio el presidente Comonfort, después del golpe de Estado fue poner preso a Benito Juárez. Encerrado en el propio Palacio Nacional, Juárez recibió allí la visita de muchos de los líderes del movimiento rebelde que apoyaban a Comonfort. Después del golpe de Estado, el 17 de diciembre de 1858, los conservadores apoyaron a Comonfort mediante el pronunciamiento del Plan de Tacubaya que decía lo siguiente :

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Sin embargo el titubeo de Comonfort sobre los hechos acontecidos hicieron que los conservadores decidieran organizar un levantamiento militar encabezado por los oficiales Luis G. Osollo y Miguel Miramón, para derrocar a Comonfort. Así se dieron la batallas entre el ejército conservador y la guardia nacional que apoyaba a Comonfort las cuales perdían cada enfrentamiento. Esto llevó a que los conservadores acordaran su destitución y nombraron como nuevo presidente de la República al general Félix Zuloaga.

A pesar del apoyo recibido de la guardia nacional, Comonfort vio inminente su derrota ante el ejército conservador por; ello, poco tiempo antes de escapar del palacio, dio su última orden como presidente, ésta fue la de liberar a Benito Juárez. No sólo eso, de inmediato reconoció que al haberse dado a sí mismo un golpe de Estado, ya no era de hecho ni de derecho Presidente de la República , sino que tal título correspondía, por mandato de la Constitución , al presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Nación , es decir, a Benito Juárez. Después de tres semanas de estar preso, Juárez salió del Palacio Nacional, escapando también de la Ciudad de México, pero convertido ya en Presidente de la República.

Con estos hechos, de nueva cuenta estallaba en México otra guerra civil: la Guerra de Reforma o de los Tres Años (1858-1860), en la que combatieron liberales contra conservadores.