Aunque no se conoce con exactitud cómo estaban divididos los diferentes estratos sociales entre los zapotecos, se sabe que había una clase dominante a la cual pertenecían los gobernantes que, al igual que en otras culturas mesoamericanas, eran jefes-sacerdotes. Los sacerdotes eran los encargados de conducir los rituales. Uija-Tao era el sumo sacerdote, servidor de los dioses y con poderes extraordinarios.

Los comerciantes encargados del intercambio con las ciudades lejanas tenían un papel muy importante en la sociedad, pues por medio de ellos se obtenían las preciadas mercancías suntuarias o de lujo, producidas en las ciudades lejanas, regularmente consumidas por la clase dominante para usos relacionados con las ceremonias civiles o religiosas. Los artesanos de tiempo completo eran los encargados de elaborar los productos necesarios para el consumo en la ciudad y para el comercio exterior. También, una parte de los guerreros pertenecía a la clase dominante y tenía una gran importancia social, sin embargo, no se tiene noticia de que haya sido la principal forma de sostenimiento del tributo de los pueblos a un gobierno central. Éstos eran los encargados de reclutar, adiestrar y dirigir a sus ejércitos.

La otra clase era la de los trabajadores del campo que, con su trabajo, sostenía al resto de la sociedad. Eran los encargados de la producción de alimentos, de pagar tributos y de participar en los ejércitos en caso de guerra. Producían utensilios de uso doméstico, para el trabajo agrícola y de cacería, de manera artesanal. Practicaban el comercio local para obtener lo que necesitaban en su vida diaria.

Los zapotecos construyeron su principal centro ceremonial, político y religioso en Monte Albán, que fue una gran ciudad, en la que se desarrolló el sistema típico mesoamericano de construcción de pequeños muros, para formar terrazas en las laderas de los cerros, en donde además de realizar cultivos, se construyeron casas para la vivienda de artesanos y comerciantes. A este centro tributaban varios señoríos subordinados. Otras ciudades importantes fueron Mitla y Zaachila.

Centro ceremonial de Monte Albán.

Algunos especialistas piensan que, en su esplendor, esta cultura se aisló de los adelantos y problemas de otras culturas mesoamericanas; este hecho, además del aumento de la población al grado de que fue imposible su alimentación adecuada, generó que los habitantes abandonaran paulatinamente la ciudad y fueran a sumarse a la población de otros sitios, ya que las clases dominantes fueron incapaces de solucionar el problema, mientras pedían que la población continuara en la construcción de templos y edificios. En el 850 se abandonó la ciudad de Monte Albán, que volvería a florecer en el posclásico, pero con menos auge.