En la actualidad se distinguen dos tipos de sistemas de clasificación:
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Los sistemas artificiales están basados en criterios extrínsecos de los seres vivos: forma, color, tamaño... A diferencia de las clasificaciones empíricas, las clasificaciones artificiales utilizan descripciones científicas de la anatomía y morfología de cada uno de los organismos que se están describiendo.
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Los sistemas naturales, también denominados sistemas científicos de clasificación, son sistemas basados en criterios intrínsecos, por ejemplo, el grado de parentesco evolutivo que existe entre los seres vivos y la composición bioquímica de los organismos.
En los sistemas naturales, además de las características de semejanza y diferencia entre los seres vivos, también se toman en cuenta las estructuras internas del organismo y el tipo de información genética que posee.
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